Оптимальным вариантом будет оплата со стороны ООО в адрес физического лица, а затем уже само физическое лицо будет оплачивать кредит. Денежные средства от ООО можно непосредственно перечислять на счет физлица, с которого происходит списание средств банком.
Оформить это можно либо платой по трудовому договору, либо платой по гражданско-правовому договору (договор возмездного оказания услуг, например), либо договором (ежемесячными договорами) займа. Трудовой договор и договор возмездного оказания услуг будут облагаться налогами.
Либо, если это участник ООО, пусть будет распределена прибыль ООО и выплачена участникам. Из этих денег участник сможет оплатить кредит.
Списание со счета ООО возможно только по согласованию с банком и на их условиях (если они вообще согласятся). И если ООО не получит от физлица никакого встречного предоставления, сделка будет очень сомнительной для проверяющих органов.